為了澳門居民的健康，衛生局一直致力於向巿民提供全面的防疫接種服務。目前澳門的防疫接種計劃，包括了預防13種疾病的疫苗，其中除了區內國家／地區常包括的預防結核病、乙型肝炎、百日咳、破傷風、白喉、小兒麻痺症、麻疹、德國麻疹、腮腺炎等疾病的疫苗外，還包括預防肺炎鏈球菌、流感嗜血桿菌（引起幼兒腦膜炎)、水痘和近年加入的預防子宮頸癌疫苗。除了特區防疫接種計劃內的疫苗，為預防社區流感的爆發和減低澳門出現流感重症的機會，衛生局每年為澳門流感高危人口購買足夠的流感疫苗供合資格的巿民接種。
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